防腐木花架由于它的高毒效，即使很小量的溶解亦足以杀死真菌。此外，败坏木材的生物体液或分泌物(例如真菌向周围木材分泌的酵素)的酸度或碱度也有重要影响。在理论上，某种防腐木防腐剂在水中镕解度很低，但在微政或微碱的体液中则足够溶解而产生毒性。等实验指出，一种防腐剂不溶于真菌体液市或木进入真菌体内，但仅使真菌所分泌的用来溶解木材的酵素变性或失效亦能有效地抵抗真菌。

防腐木花架内部的变色茵不会对防腐木木材细胞壁组织造成危害，但在适宜的条件下，有些变色菌苗丝也会镕蚀木材细胞壁，造成纤维素、多缩戊核和热水抽出物含量的降低。由于木村细胞壁中的纤维素、半纤维素含量的降低而木质素以及树脂物质很少遭受破讯所以木质素和树脂的相对含量稍有增加。